2.2. Анализ векторов действия в области связи NiH….Oi-4=C
Напомним, что в рамках
модели топологического кодирования белков боковые цепи аминокислот
рассматриваются в качестве физических операторов (http://genetic-code.narod.ru/operators.htm): операторы связности
(аминокислоты, способные к образованию Н-связей), способствующие формированию
связи NiH….Oi-4=C и
операторы анти-связности (в основном не образующие Н-свяей), препятствующие образованию этой
связи.
Рассмотрим возможные направления, в которых действуют на эту связь физические
операторы, (рис. 5, а-в), называя эти направления
векторами действия или просто векторами, и обозначая стрелками.
|
|
|
|
|
Рис. 5. Анализ направлений действия физических операторов в
области связи NiH….Oi-4=C. а – вектора в плоскости I; б –
серия векторов, ориентированных вдоль плоскостей I и II; в –
серия векторов, ориентированных вдоль плоскостей II и III. |
||
В пределах плоскости I (рис. 5,а) возможно два
варианта векторов действия на связь NiH….Oi-4=C – вдоль этой связи и перпендикулярно
ей. При действии в направлении вдоль связи NiH….Oi-4=C возможно два вектора:
- вектор, направленный в
сторону группы NiH (желтая стрелка вверх),
будет способствовать сохранению водородной связи;
- симметричный вектор, направленный
в сторону группы Oi-4=C (желтая стрелка вниз)
направлен на разрыв водородной связи.
В случае действия
векторов перпендикулярно связи NiH….Oi-4=C оба вектора (зеленые стрелки)
ориентированы в противоположные стороны (симметричны) и направлены на разрыв
водородной связи.
Введенные плоскости I –
III могут
служить плоскостями симметрии, по отношению к которым может рассматриваться
действие физических операторов. Например, если вектор действия направлен вдоль
плоскостей I и II, то, в силу симметрии возникает серия из 8
векторов, напраленых вдоль этих плоскостей (рис. 5, б, стрелки красного
цвета).
Аналогично, если вектора
направлены вдоль плоскостей II и III, то возникает другая серия из 8 векторов, направленных вдоль
плоскостей II и III (рис. 5, в, стрелки
синего цвета).
Таким образом
всего на рисунках 5,а-в выделено 20 направлений действия физических операторов
(20 векторов), что соответствует общему числу боковых цепей аминокислот в
каноническом наборе (http://amino-acids-20.narod.ru). Однако, поскольку боковые цепи аминокислот имеют реальные
физические размеры, то направление их действия не может быть любым.
Предположительно, они должны вписываться в какую-либо геометрическую фигуру. Этому вопросу посвящен раздел 2.3.
Адрес для связи: vector-machine@narod.ru
