2.1. Выделение плоскостей симметрии
2.1.1. Свойства пептидной связи
Двойная
связь в пептидных группах, согласно [ 15 ] может находиться в двух положениях:
O=C–N– < ---
> –O–C=N+
Согласно
Л. Полингу (цит. по [15]), этот эффект объясняется резонансом двух предельных
структур. Вследствие резонанса пептидная группа в белках является плоской [ 15 ]. С точки зрения квантовой механики электронные
облака в таких резонансных структурах имеют форму перекрывающихся гантелей
(рис.2) – sp2-гибридизованных облаков.
Единственная
водородная связь, приводящая к циклическому пентафрагменту, образуется
между атомами NiH….Oi-4=C двух пептидных групп полипептидной цепи белка. В водородной связи этих групп участвует атом
водорода, имеющий шаровидную S-орбиталь
,связанный с атомом азота Ni i-ого альфа-углеродного атома, и атом
кислорода Oi-4
пептидной связи i-4
альфа-углеродного атома. Вид электронных
облаков в этой области показан на рисунке 3.
Именно эта область и является предметом нашего анализа.
|
|
Рис. 2. Форма электронных
облаков в пептидной связи |
Рис. 3. Форма электронных облаков в области водородной связи NiH….Oi-4=C двух пептидных групп пентафрагмента (вид сверху). Серые шары – альфа-углеродные атомы. |
2.1.2. Проведение
плоскостей симметрии в области связи NiH….Oi-4=C
Через связь NiH….Oi-4=C можно провести три взаимно
перпендикулярных плоскости (рис. 4.). Плоскость I (обозначена желтым цветом) проходит через эту
связь перпендикулярно плоскости листа, в результате чего каждое из лопастей sp2-гибридизованного
облака будет находиться симметрично по разные стороны от атома Oi-4. Плоскость II (обозначена
красным цветом) проходит параллельно плоскости листа (перпендикулярно плоскости
I) и разделяет sp2-гибридизованное облако на две симметричные половины – переднюю
и заднюю. Плоскость III (обозначена
синим цветом) перпендикулярна двум предыдущим и разделяет каждую из лопастей sp2-гибридизованного
облака на две половины – верхнюю и нижнюю.
|
Рис. 4. Выделение плоскостей симметрии в области связи NiH….Oi-4=C (вид сверху). |
В разделе 2.2. будет показано, как с
использованием выделенных плоскостей симметрии может быть получено 20 векторов
действия физических операторов.
Адрес для связи: vector-machine@narod.ru