2. Этапы построения
молекулярной векторной машины белков
Согласно теории топологического кодирования белков, элементарной
структурной единицей является пентафрагмент белка, а
его математическим аналогом – 4х-звенный цепной граф. Мы уже определили в разделе 1, что предполагается
подробный анализ области связи между NiH….Oi-4– единственной возможной водородной связи в пентафрагменте.
Подход,
описанный на страничке http://genetic-code.narod.ru/amino_acids_triplets_assignment.htm
, позволил осуществить первое
приближение к проблеме соответсвия триплет-аминокислота и выделить два типа
аминокислот, обеспечивающих воссоздание закодированной триплетами структуры.
Эти аминокислоты рассматриваются в качестве физических операторов. Операторы
связности способствуют формированию связи NiH….Oi-4=C в циклическом пентафрагменте, операторы антисвязности препятствуют образованию этой связи.
В данном разделе
будет проведен более подробный анализ возможных вариантов действия боковых
цепей в области связи NiH….Oi-4=C путем введения плоскостей
симметрии и анализа векторов действия боковых цепей аминокислот. Этот анализ
привел нас к представлению о молекулярной векторной машине белков.
Первым этапом в нашем
анализе является введение плоскостей симметрии в области связи NiH….Oi-4=C (раздел 2.1.).
Адрес для связи: vector-machine@narod.ru